La Grotte de Crabtree s'est creusée dans un calcaire fossilifère des Basses-Terres-du-Saint-Laurent vieux de 450 millions d'années (Groupe de Trenton, Formation de Deschambault). Pour en savoir d'avantages sur les roches et la géologie de cette région, nous vous suggérons de visiter notre site Parcours géologique dans Lanaudière.

Les calcaires sont des roches sédimentaires biochimiques formées par accumulation des restes d'organismes de toutes sortes. Ici, le calcaire est grisâtre, cristallin et pur à plus de 97 % (Ca CO₃). Il contient bon nombre de fossiles. Nous vous invitons à consulter notre site La Vie au Moulin Fisk il y a 450 millions d'années qui présente en détails, les fossiles du temps. Algues, Bryozoaires, Brachiopodes, Céphalopodes et Trilobites y ont été dénombrés.

Les épaisses strates de calcaire sont pratiquement horizontales et découpées par un important système conjugué de fractures (diaclases) verticales formant des blocs en forme de parallélépipèdes de quelques mètres de côté. Ce découpage particulier a largement contribué à la mise en place de la grotte, en permettant aux eaux de s'infiltrer par les fractures.